成分方面
金霉素眼膏主要成分是金霉素，属于四环素类抗生素。
红霉素眼膏主要成分是红霉素，属于大环内酯类抗生素。
抗菌谱方面
金霉素眼膏对多种革兰阳性菌及沙眼衣原体等有较好抗菌作用，对革兰阴性菌作用相对较弱。
红霉素眼膏对革兰阳性菌，如金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、链球菌等具有较强的抗菌活性，对部分革兰阴性菌，如脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌等也有一定作用，对支原体、衣原体等也有抑制作用。
适应证方面
金霉素眼膏可用于治疗细菌性结膜炎、麦粒肿及细菌性眼睑炎，也可用于治疗沙眼。
红霉素眼膏适用于沙眼、结膜炎、角膜炎，也可用于预防新生儿淋球菌及沙眼衣原体眼部感染。
不良反应方面
金霉素眼膏使用后可能出现眼部刺激，如灼烧感，也可能发生过敏反应。
红霉素眼膏不良反应较少，偶见眼睛疼痛，视力改变，眼部红肿、瘙痒等过敏反应。
禁忌方面
对金霉素眼膏过敏者禁用。
对红霉素眼膏过敏者禁用。
对于特殊人群，如孕妇及哺乳期妇女，使用时需谨慎，应在医生指导下权衡利弊使用。儿童使用时也需格外注意，应在成人监护下合理使用，若出现不适症状需及时就医。