使用百多邦莫匹罗星软膏治疗包皮龟头炎一般不会引起神经系统紊乱。
百多邦莫匹罗星软膏是一种外用抗生素软膏，主要用于治疗皮肤感染，如脓疱疮、疖肿、毛囊炎等，也可用于治疗包皮龟头炎。该药物的常见副作用包括局部皮肤瘙痒、灼烧感、红肿等，但通常不会影响神经系统。
然而，如果患者对百多邦莫匹罗星软膏过敏，可能会出现过敏反应，如皮疹、瘙痒、呼吸困难等，严重者甚至可能出现过敏性休克。此外，如果患者在使用药物过程中出现其他不适症状，如头晕、头痛、恶心、呕吐等，应及时停止使用药物，并就医进行检查和治疗。
需要注意的是，包皮龟头炎的治疗方法应根据病因进行选择。如果是细菌感染引起的，可以使用百多邦莫匹罗星软膏等抗生素进行治疗；如果是真菌感染引起的，则需要使用抗真菌药物进行治疗；如果是过敏引起的，需要使用抗过敏药物进行治疗。此外，患者还应注意个人卫生，保持龟头清洁干燥，避免搔抓和摩擦，避免使用刺激性的清洁剂和药物。
如果患者对包皮龟头炎的治疗有任何疑问，应及时就医，咨询医生的意见。医生会根据患者的具体情况制定个性化的治疗方案，并告知患者注意事项和药物的副作用。