初期怀孕后有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.着床出血：受孕后，受精卵在子宫壁上着床，可能会导致轻微的出血，表现为褐色分泌物。
2.先兆流产：胚胎发育异常、孕妇内分泌失调、子宫畸形、宫腔粘连等，都可能导致先兆流产，出现褐色分泌物或阴道少量流血。
3.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床，称为宫外孕，宫外孕也会导致阴道出血，颜色可为褐色。
4.其他：宫颈息肉、阴道炎、子宫肌瘤等也可能导致怀孕初期有褐色分泌物。
如果在怀孕初期发现有褐色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如血HCG、孕酮、B超等，以明确原因，并采取相应的措施。同时，要注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉快。如果出现腹痛、阴道大量流血等异常情况，应立即就医。