打哈欠时流眼泪主要是因为打哈欠会刺激眼部相关神经和肌肉，引发眼部泪液分泌及排出等一系列反应。当人打哈欠时，口腔和咽喉部肌肉强烈收缩，胸腔压力增大，进而影响到眼部的泪道等结构，导致泪液排出受阻或分泌增多从而流眼泪。
眼部肌肉受牵动
打哈欠时面部肌肉会有较大幅度运动，眼部周围肌肉也会随之运动，这种肌肉的牵动可能会刺激到眼部的一些神经末梢，使得泪腺受到影响，促使泪液分泌增加。
鼻腔与眼部通道关联
鼻腔和眼部通过鼻泪管相通，打哈欠时鼻腔内压力变化可能会传导至眼部，影响泪液的正常引流，使得泪液不能及时排出而流出。
个体差异影响
不同个体的眼部结构和神经敏感度存在差异，有些人可能更容易在打哈欠时出现流眼泪的情况，比如本身泪道较为狭窄或眼部神经较为敏感的人群。
疲劳等因素叠加
当人处于疲劳状态时，身体的各项调节功能相对较弱，打哈欠时引发流眼泪的情况可能会更明显。因为疲劳会使眼部肌肉等的协调性下降，进一步影响泪液的正常代谢。