深度水解蛋白奶粉和普通奶粉主要在蛋白质结构上有区别。普通奶粉中的蛋白质是完整的大分子，而深度水解蛋白奶粉是将牛奶中的大分子蛋白质经过水解工艺处理，变成短肽链或小分子蛋白质，更容易被消化吸收。
一、蛋白质分子大小不同
普通奶粉蛋白质分子较大，深度水解蛋白奶粉经水解后蛋白质分子显著变小，更利于消化功能较弱的人群摄取。比如对于婴儿消化系统尚不完善的情况，深度水解蛋白奶粉能减轻消化负担。
二、适用人群有差异
普通奶粉适合消化功能正常的大多数人群，而深度水解蛋白奶粉适用于对牛奶蛋白过敏或消化功能特别弱的人群，像部分婴儿可能对普通奶粉中的蛋白质过敏，就需要深度水解蛋白奶粉来替代。
三、营养成分的消化吸收程度不同
由于蛋白质结构不同，深度水解蛋白奶粉中蛋白质等营养成分在消化道内的消化吸收过程相对更顺畅，能减少因蛋白质消化不完全带来的胃肠道不适等问题，而普通奶粉对于消化功能稍弱的个体可能会引发消化方面的小状况。
四、口感和气味可能有别
深度水解蛋白奶粉经水解处理后，口感和气味与普通奶粉会有差异，不过这通常不影响其作为营养来源的价值，消费者可根据实际情况选择。对于婴幼儿来说，可能需要适应深度水解蛋白奶粉的口感变化，但一般不影响其营养摄入。