水解奶粉是将普通奶粉中引起过敏的大分子蛋白质通过水解工艺分解成小分子肽段或氨基酸，而普通奶粉蛋白质为大分子结构。
营养成分方面
水解奶粉在营养成分上与普通奶粉大致相同，都包含蛋白质、脂肪、碳水化合物、维生素、矿物质等，但水解奶粉经特殊处理，更利于部分特殊人群消化吸收。
适用人群不同
普通奶粉适合大多数消化功能正常的健康宝宝；而水解奶粉适用于对牛奶蛋白过敏或有过敏风险的婴儿，比如明确对牛奶蛋白过敏的婴儿，食用普通奶粉可能出现腹泻、呕吐、皮疹等过敏症状，此时水解奶粉可降低过敏风险。
消化吸收难易度
水解奶粉由于蛋白质分子小，更容易被婴儿尚未发育完善的胃肠道消化吸收，普通奶粉的大分子蛋白质对于部分婴儿胃肠道消化功能来说，消化吸收相对较难。
价格情况
通常水解奶粉因为生产工艺复杂，成本较高，所以价格比普通奶粉要贵一些。
对于对牛奶蛋白过敏的婴儿，选择水解奶粉时要在医生指导下进行，且要关注奶粉的营养成分是否能满足婴儿生长发育需求；健康婴儿一般无需刻意选择水解奶粉，普通奶粉即可满足营养需求。