适度水解奶粉与普通奶粉在蛋白质结构上有差异。普通奶粉中的蛋白质是完整大分子，适度水解奶粉则是将完整大分子蛋白质水解成小片段。
营养成分方面
适度水解奶粉和普通奶粉的基础营养成分大致相同，都包含蛋白质、脂肪、碳水化合物、维生素和矿物质等，但适度水解奶粉通过水解工艺改变了蛋白质结构，可能在消化吸收特性上有不同表现。
适用人群方面
普通奶粉适用于胃肠道消化功能正常的大多数婴儿。而适度水解奶粉适用于对牛奶蛋白轻度过敏的婴儿，能降低过敏风险，因为其水解后的小分子蛋白质不易引起过度免疫反应。对于有牛奶蛋白过敏家族史的婴儿，可作为预防选择。
消化吸收情况
由于适度水解奶粉的蛋白质分子变小，相对普通奶粉更易消化吸收，能减轻婴儿胃肠道消化负担，降低因消化不良出现腹胀、腹泻等不适的概率，尤其适合胃肠道功能尚不完善的婴儿。
对于婴儿选择奶粉，需根据婴儿具体情况，如是否有过敏风险、消化功能等。有牛奶蛋白过敏相关情况的婴儿，在选择奶粉时应在医生指导下考虑适度水解奶粉；而一般健康婴儿普通奶粉通常也能满足营养需求，但仍需关注婴儿食用后的消化吸收及身体反应，若有异常应及时调整。