同房两天后有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.宫颈病变：如宫颈炎、宫颈息肉等，可能导致同房后出血，表现为褐色分泌物。此外，宫颈癌也可能出现这种症状。如果同时伴有白带异常、异味、下腹坠胀等不适，应及时就医，进行宫颈涂片、HPV检测、阴道镜等检查，以明确诊断。
2.阴道炎症：阴道炎也可能导致同房后出血。如滴虫性阴道炎、霉菌性阴道炎等，可引起阴道黏膜充血、水肿，同房时摩擦可导致出血。此外，老年性阴道炎、幼女阴道炎等也可能出现这种情况。通常还会伴有阴道瘙痒、疼痛、白带异常等症状。如果出现这些症状，应及时就医，进行白带常规等检查，以明确诊断，并进行相应的治疗。
3.子宫内膜息肉：子宫内膜息肉是一种常见的妇科疾病，可导致月经量增多、经期延长，也可能表现为同房后出血，出现褐色分泌物。此外，还可能伴有腹痛、白带异常等症状。如果怀疑有子宫内膜息肉，应及时就医，进行超声检查等，以明确诊断。对于息肉较大的患者，通常需要进行手术治疗，如宫腔镜下息肉切除术。
4.其他：内分泌失调、排卵期出血、放置宫内节育器等也可能导致同房后出现褐色分泌物。
总之，同房后出现褐色分泌物可能是多种原因引起的，如果持续出现或伴有其他不适症状，应及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，建议在同房时注意个人卫生，避免过度用力，以减少对生殖器官的刺激。