并非所有情况都不建议做肠镜，而是部分人群因存在特定风险因素不适合立即进行。比如严重心肺功能不全者，这类患者进行肠镜检查可能加重心肺负担，引发不良事件；体质极度虚弱不能耐受检查操作的人群，难以承受肠镜检查过程；急性腹膜炎、肠穿孔等急腹症患者，此时进行肠镜会加重病情；还有妊娠期女性，肠镜检查可能对胎儿产生影响。
一、严重心肺功能不全者
严重心肺功能不全患者，其心肺本身功能已无法很好维持身体基本生理需求，肠镜检查过程中的操作刺激、患者紧张等因素，会进一步增加心肺负担，易诱发心脑血管意外、呼吸衰竭等严重并发症，所以这类人群一般不建议马上做肠镜。
二、体质极度虚弱者
体质极度虚弱的人，身体各项机能已处于较低水平，对肠镜检查这种有创操作的耐受能力极差，可能在检查过程中出现晕厥、休克等危险情况，因此不建议轻易进行肠镜检查。
三、急腹症患者
像急性腹膜炎、肠穿孔这类急腹症患者，腹腔内已有明显病理改变，做肠镜会干扰对急腹症的诊断与治疗，还可能导致病情扩散等更严重后果，所以不适合做肠镜。
四、妊娠期女性
妊娠期女性的身体处于特殊生理状态，肠镜检查时的 X 线接触（若有相关检查步骤）以及操作刺激等可能影响胎儿发育，为保障胎儿安全，一般不建议妊娠期女性在孕期进行肠镜检查。