香砂六君丸有多种用途，可用于改善脾胃气虚、湿阻痰聚、气滞胃逆所引起的相关病症等，但需在中医辨证下合理应用。
一、改善消化不良
香砂六君丸能调节胃肠功能，对于脾胃虚弱导致的消化不良有一定帮助，可缓解腹胀、食欲不振等症状，其成分中的党参等能增强脾胃运化能力，促进消化液分泌。
二、缓解胃脘胀满
当因脾胃虚弱出现胃脘胀满不适时，香砂六君丸可发挥作用，它能理气和胃，使气机通畅，减轻胃脘部的胀满感，让脾胃功能恢复协调。
三、辅助治疗慢性胃炎
对于慢性胃炎患者，若属于脾胃气虚兼痰湿阻滞证型，香砂六君丸可起到一定的辅助治疗作用，有助于改善患者的胃痛、胃胀等不适症状，从调理脾胃功能入手，促进胃部炎症的改善。
四、减轻术后胃肠功能紊乱
一些患者术后出现胃肠功能紊乱，表现为消化不良、腹胀等，香砂六君丸可帮助调节胃肠功能，促进术后胃肠功能的恢复，利用其健脾和胃、理气的功效来改善相关症状。
五、改善妊娠呕吐
部分孕妇出现妊娠呕吐，属脾胃虚弱型，香砂六君丸可在中医辨证指导下使用，通过健脾和胃来减轻呕吐症状，因为其能调整脾胃功能，缓解因脾胃虚弱引起的呕吐情况，但孕妇使用需谨慎，应在医生指导下进行。