灵芝孢子粉一般副作用较少，但个体差异下可能存在不同表现。
过敏反应方面
部分过敏体质人群可能对灵芝孢子粉过敏，出现皮肤瘙痒、皮疹等症状。这是因为个体免疫系统对灵芝孢子粉中的某些成分产生异常免疫应答，引发过敏反应。过敏体质者在首次接触或大量接触时更易发生。
消化系统影响
少数人服用后可能出现肠胃不适，如恶心、腹泻等。这可能是灵芝孢子粉刺激胃肠道，影响胃肠道正常消化吸收功能所致，尤其是本身肠胃功能较弱的人群，受影响可能更明显。
与药物相互作用
若正在服用其他药物，灵芝孢子粉可能与某些药物产生相互作用。例如，可能影响药物代谢酶的活性，从而干扰其他药物的疗效或增加不良反应风险。所以正在服药的人群在服用灵芝孢子粉前需咨询医生，评估相互作用风险。
特殊人群需谨慎
孕妇、儿童等特殊人群服用灵芝孢子粉需格外慎重。孕妇处于特殊生理阶段，灵芝孢子粉对其及胎儿的影响尚不明确；儿童身体机能尚未发育完善，对灵芝孢子粉的耐受性和代谢能力与成人不同，随意服用可能带来未知风险，这类特殊人群最好在医生指导下决定是否服用。