灵芝孢子粉一般副作用较少，但部分人群可能出现一些反应。
肠胃不适方面
少数人服用后可能出现肠胃不适，如恶心、腹胀等。这可能与个体肠胃对其成分的耐受差异有关，本身肠胃功能较弱者更易出现此类情况。
过敏反应情况
有过敏体质者可能对灵芝孢子粉过敏，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等症状。因为过敏体质人群免疫系统对外来物质更敏感，易将灵芝孢子粉成分识别为过敏原引发过敏。
与药物相互作用
若正在服用其他药物，灵芝孢子粉可能与某些药物产生相互作用。比如可能影响抗凝药物的效果，因为灵芝孢子粉可能有一定抗凝血作用，与抗凝药同用需谨慎，这是由于不同药物在体内代谢等过程可能相互干扰。
特殊人群需注意
孕妇、儿童等特殊人群服用灵芝孢子粉需格外谨慎。孕妇处于特殊生理阶段，灵芝孢子粉对其影响不明确，可能存在潜在风险；儿童身体各器官发育尚未成熟，对灵芝孢子粉的耐受性和代谢能力与成人不同，一般不建议随意服用。