观察症状表现
细菌感染引起的龟头炎，常表现为龟头局部红肿、疼痛较为明显，可能有较多脓性分泌物；而真菌性龟头炎通常会有龟头部位红斑，红斑上可能有小疱疹，瘙痒感往往比较剧烈。
借助实验室检查
取龟头分泌物进行镜检是重要方法。细菌感染镜检可发现大量细菌；真菌性龟头炎镜检能找到菌丝或孢子。
依据发病情况判断
细菌感染引发的龟头炎，多有局部外伤、不注意卫生等诱因；真菌性龟头炎则往往与长期使用抗生素、患有糖尿病等导致免疫力下降，或有不洁性生活等因素相关。
从病程特点区分
细菌感染所致龟头炎若及时处理，一般病程发展相对较快，控制感染后恢复也较迅速；真菌性龟头炎病程相对较长，容易反复发作，治疗周期可能更长。
对于特殊人群，比如糖尿病患者发生龟头炎时，更要留意区分是细菌还是真菌感染，因为糖尿病患者免疫力受影响，感染情况可能更复杂，需更谨慎地通过上述方法鉴别，以便采取针对性的合适措施。