真菌龟头炎多有局部潮湿、长期使用抗生素等诱因，龟头部位常出现红斑、丘疹，上面有白色奶酪样分泌物；细菌龟头炎往往有局部外伤、卫生状况差等情况，龟头多表现为红肿、疼痛，有脓性分泌物。
从症状表现区分
真菌龟头炎症状上以白色分泌物为典型特征，瘙痒相对明显；细菌龟头炎则以红肿、脓性分泌物及疼痛较为突出。
从发病诱因区分
真菌龟头炎常因局部环境潮湿、长期应用广谱抗生素等导致菌群失调引发；细菌龟头炎多由局部皮肤破损、不注意卫生等使细菌感染所致。
从实验室检查区分
取分泌物镜检，真菌龟头炎可发现菌丝或孢子；细菌龟头炎能找到大量细菌。
从好发人群区分
真菌龟头炎在糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂者中相对多见；细菌龟头炎各年龄段均可发生，卫生习惯差者更易罹患。