肉苁蓉虽有诸多益处，但也存在一些禁忌需注意。
阳虚火旺者忌用
阳虚火旺人群服用肉苁蓉可能会加重体内虚火，导致口干、咽痛、失眠等不适症状加重。因为肉苁蓉有一定的温补作用，对于本身阳气过盛、火气较旺的人来说，会进一步扰乱体内阴阳平衡。
大便溏泄者慎用
肉苁蓉具有一定的润肠通便作用，大便溏泄者本身大便稀软，如果再服用肉苁蓉，可能会使大便溏泄的情况更加严重，影响肠道正常功能。
孕妇忌用
目前临床研究表明，孕妇服用肉苁蓉可能会对胎儿产生不良影响，增加流产等风险，所以孕妇应避免使用肉苁蓉。
儿童慎用
儿童的身体机能尚未发育完全，肉苁蓉的药效对于儿童来说可能不太适宜，且其对儿童的安全性尚未有充分的临床验证，为避免可能出现的未知风险，儿童应谨慎使用肉苁蓉。