肾阴虚为主时不建议同服
六味地黄丸主要针对肾阴虚，有滋阴补肾功效。金匮肾气丸偏于温补肾阳，若本身是肾阴虚为主的情况，同时服用可能会打破阴阳平衡，加重肾阴虚相关症状，如潮热、盗汗等。
肾阳虚为主且有肾阴虚兼夹时需谨慎评估
当是肾阳虚为主，但又有轻微肾阴虚兼夹情况时，需谨慎考虑是否同服。因为金匮肾气丸温阳力度较强，若同时用六味地黄丸，要密切关注身体对药物的反应，最好在医生指导下判断是否适合联合使用，因为不同个体兼夹情况不同，对药物的耐受等也有差异。
特殊人群需格外注意
老年人身体机能有所减退，肝肾功能相对较弱，若考虑联合服用这两种药，更要谨慎，需先咨询医生，因为药物代谢等方面与年轻人不同，避免因药物相互作用等带来不良影响。儿童处于生长发育阶段，肝肾等器官还未发育成熟，一般不建议考虑这两种药联合使用，非药物干预是更优先的选择。孕妇等特殊人群则绝对不可以自行决定同时服用这两种药，必须在医生充分评估孕期情况后，根据具体病情判断是否能使用及如何使用。