细菌感染与病毒感染在多个方面存在不同。从病原体来看，细菌是单细胞微生物，有细胞壁等结构；病毒则无细胞结构，由核酸和蛋白质外壳构成。在症状表现上，细菌感染常引发局部化脓性炎症等，比如肺炎链球菌感染可致肺炎出现高热、咳嗽、咳痰等；病毒感染多引起全身症状为主，像流感病毒感染常导致全身酸痛、高热、乏力等。实验室检查方面，细菌感染时血常规往往显示白细胞及中性粒细胞升高；病毒感染时血常规可能白细胞正常或降低，淋巴细胞比例可能升高。治疗上，细菌感染通常使用抗生素治疗，而病毒感染一般需要抗病毒药物或靠自身免疫清除，不过也有特殊情况。
一、病原体差异
细菌是独立的单细胞生物，有多种形态，如球菌、杆菌等，且有自身的代谢系统；病毒需寄生在活细胞内才能繁殖，结构简单，依靠宿主细胞来实现生命活动。
二、症状特点不同
细菌感染引发的局部炎症较明显，可能有红肿热痛等表现，如伤口细菌感染会有局部红肿化脓；病毒感染全身症状相对突出，例如普通感冒病毒感染除了呼吸道症状，还易有全身肌肉酸痛、发热等。
三、实验室检查区别
细菌感染时，血液中白细胞计数（WBC）通常升高，中性粒细胞比例（N%）增多；病毒感染时，白细胞可能正常或降低，淋巴细胞比例（L%）可能上升，这是因为病毒感染主要靠免疫系统中的淋巴细胞参与应对。
四、治疗手段有别
针对细菌感染，使用相应抗生素来抑制或杀灭细菌，如青霉素类抗生素可用于多种细菌感染；病毒感染目前有效的抗病毒药物相对有限，多数病毒感染靠机体自身免疫逐渐恢复，不过也有特定抗病毒药物针对某些病毒，如奥司他韦用于流感病毒感染。
对于特殊人群，儿童免疫系统尚不完善，细菌或病毒感染时更需密切观察症状变化。老年人机体功能衰退，感染后病情变化可能较快，要格外留意。孕妇感染时需谨慎选择治疗方法，因为某些药物可能影响胎儿，要遵循医生的专业建议进行处理。