薏米赤小豆茯苓虽有诸多益处，但也存在一些禁忌需注意。
体质虚寒者需谨慎
体质虚寒人群食用薏米赤小豆茯苓可能会加重体内寒气，引发不适。因为薏米性微寒，赤小豆也偏凉性，对于本身阳气不足、怕冷、手脚冰凉等体质虚寒表现明显的人，过量或长期食用可能导致腹泻、腹痛等症状加重。
孕妇需格外留意
孕妇食用薏米赤小豆茯苓需谨慎。薏米有兴奋子宫平滑肌的作用，可能会增加子宫收缩频率，赤小豆也有一定利水作用，茯苓虽相对温和，但孕妇食用不当可能对自身和胎儿产生不良影响，所以孕妇最好在医生指导下决定是否食用。
尿量过多者不宜
本身尿量较多的人不适合大量食用薏米赤小豆茯苓。因为薏米赤小豆茯苓都有利水渗湿的功效，尿量多的人再大量食用会进一步增加排尿，可能导致身体水分流失过多，引起脱水等问题。
对其过敏者禁用
对薏米、赤小豆或茯苓过敏的人群绝对不能食用，食用后可能会出现皮肤瘙痒、皮疹、呼吸困难等过敏反应，严重时会危及生命健康。