脑部磁共振检查一般对身体没有明显危害，但具体情况需分情况讨论。
一、磁场本身的影响
磁共振是利用强大磁场成像，正常人体细胞在这种磁场环境下，目前科学研究未发现会因磁场而产生有害的生物学效应，健康人群接受检查时磁场不会对身体造成损害。
二、对比剂的影响
若进行增强磁共振检查，需注射对比剂，少数人可能对对比剂过敏，但这是少数情况，且现在对比剂安全性较高，在检查前会进行严格评估以降低风险。
三、特殊人群情况
对于装有心脏起搏器等金属植入物的人群，磁共振检查可能会受影响，因为磁场可能干扰植入物的正常功能，所以这类人群检查前需详细告知医生植入物情况，由医生判断是否能进行磁共振检查。儿童进行脑部磁共振检查时，由于其神经系统发育特点，只要严格按照检查要求操作，磁共振检查也是相对安全的，检查过程中需尽量配合保持不动以保证图像质量。