脑核磁共振检查对人体的危害极小，一般情况下不会对人体造成明显损害。它是利用磁场和射频脉冲来获取人体脑部图像信息，并非通过电离辐射来成像，所以不存在辐射损伤等问题。
检查时的特殊情况影响
- 幽闭恐惧者：进行脑核磁共振检查时，患者需进入相对封闭的检查舱内，对于有幽闭恐惧的人可能会产生心理上的不适，如焦虑、紧张等情绪，但这并非对身体的实质性危害，而是心理层面的反应。
- 体内有金属植入物者：如果体内有金属植入物，如心脏起搏器、金属假牙等，可能会在磁场作用下发生移位等情况，但这种情况发生概率极低，且医生会在检查前严格评估患者体内金属植入物的安全性。
- 佩戴电子设备者：检查时不能佩戴手机、手表等电子设备，因为这些设备可能会受到磁场影响而损坏，同时也可能干扰检查图像质量，但这也不属于对人体的危害，而是设备的保护及检查要求。
- 孕妇：一般来说，妊娠3个月内的孕妇应避免进行脑核磁共振检查，但孕3个月后的孕妇在必要时可以进行检查，只要严格遵循检查指征和规范操作，目前尚无证据表明常规的脑核磁共振检查会对胎儿造成不良影响。