颅脑核磁共振检查对小孩脑部一般无明确不良影响。核磁共振是利用磁场和射频脉冲来获取人体内部结构图像，不涉及电离辐射，不会像X线、CT等检查那样因电离辐射可能带来潜在的细胞损伤风险。
检查原理无辐射损伤
核磁共振依靠磁场和射频脉冲工作，不存在电离辐射，不会对小孩脑部细胞造成类似电离辐射可能引发的DNA损伤等问题。其成像基于人体组织中氢原子核在磁场中的共振现象，是一种安全的影像学检查手段。
检查过程相对安全
检查时小孩需躺在密闭的检查仪器内，但检查时间通常较短，对于配合的小孩来说，一般能顺利完成检查。而且现代核磁共振设备的噪声等因素通过合理的防护措施（如佩戴耳塞等）可将影响降至很低，不会对小孩脑部造成实质性伤害。
特殊情况需谨慎评估
不过，对于装有心脏起搏器等金属植入物的小孩，不能进行核磁共振检查，因为磁场可能会影响植入物的正常功能。另外，对于非常不配合、频繁躁动的小孩，可能需要在麻醉等辅助下进行检查，但这是基于医疗评估后的特殊处理情况，总体而言常规的颅脑核磁共振检查对小孩脑部是安全的。