阴超一般规范操作下相对安全，但不规范操作或个体特殊情况可能存在一些潜在情况。
操作不当可能引发感染
若操作时消毒不严格，可能增加阴道、盆腔感染风险，尤其是本身有阴道炎等妇科炎症基础的人群，感染几率相对更高。女性自身免疫力较低时，也易受影响。
对特殊人群有一定影响
- 妊娠期女性：孕早期频繁或不当进行阴超检查，可能刺激子宫引起宫缩，但规范的孕早期阴超检查在必要时是安全且有诊断价值的，需由专业医生判断操作必要性。
- 处女膜完整女性：可能因操作导致处女膜损伤，但现在操作技术不断改进，多数可在尽量避免损伤处女膜的情况下进行检查。
心理层面可能带来压力
部分人对阴超检查有心理抵触，可能产生紧张焦虑情绪，不过这更多是心理因素，并非直接的身体危害，但也需关注受检者心理状态并适当安抚。