阴超一般规范操作下相对安全，但不排除个别情况存在一定潜在影响。
感染风险方面
若操作时未严格遵循无菌操作规范，可能增加感染几率，尤其是本身存在生殖道炎症等情况时，感染风险相对更高。正常女性生殖道有一定自洁和防御机制，规范操作可降低此风险，但非规范操作可能破坏局部防御引发感染。
对特殊人群的影响
对于处女膜完整的女性，操作不当可能导致处女膜损伤，需谨慎操作。而孕期女性，尤其是孕早期，若操作用力不当等可能有引发流产风险，所以孕早期非必要一般不轻易进行阴超检查。
心理层面影响
部分人可能因对阴超检查方式不适应，产生心理上的紧张、不适等，但这多属于心理主观感受，通过良好沟通和适当安抚可缓解。
总体而言，在正规医疗机构由专业医护人员规范进行阴超检查，其危害发生概率较低，且检查带来的诊断价值往往能为疾病诊治提供重要依据。