大豆卵磷脂的服用时间没有绝对统一的标准，可根据个人情况及需求来选择。
空腹服用情况
若肠胃功能较好，可选择空腹服用大豆卵磷脂，一般在饭前30分钟左右服用，此时胃肠道内食物较少，能使大豆卵磷脂更快被吸收，利于发挥其相关作用。但部分人空腹服用可能会出现肠胃不适，如有这种情况则不建议空腹服。
饭后服用情况
对于肠胃功能较弱的人群，饭后服用较为合适，一般在饭后15 - 30分钟服用。饭后胃肠道有一定食物，能减少大豆卵磷脂对肠胃的刺激，降低肠胃不适发生的概率。
随餐服用情况
也可以选择随餐服用，即在吃饭过程中同时服用大豆卵磷脂，这样借助食物中的脂肪等成分，可能有助于其更好地被人体消化吸收，不过具体效果因人而异。
特殊人群服用时间考量
老年人若肠胃功能有一定退化，可根据自身肠胃耐受情况选择饭后或随餐服用；孕妇等特殊人群服用大豆卵磷脂前最好咨询医生，在医生指导下确定合适的服用时间，因为孕妇身体状况特殊，需格外谨慎以保障自身和胎儿健康。