大豆卵磷脂是一种混合物，主要成分包括磷脂酰胆碱等多种磷脂类物质，和蛋白质有着本质区别。
从化学组成看差异
蛋白质是由氨基酸通过肽键连接而成的大分子化合物，而大豆卵磷脂的化学结构主要是磷脂相关结构，其组成成分与蛋白质的氨基酸组成不同。
功能方面的不同
蛋白质具有多种重要功能，如催化生化反应的酶蛋白、参与免疫的抗体蛋白等。大豆卵磷脂主要在细胞膜结构构成、脂肪代谢等方面发挥作用，和蛋白质的功能范畴有明显差异。
来源与提取方式有别
蛋白质可从多种动植物组织中获取，提取方法多样。大豆卵磷脂主要从大豆油精炼过程中的副产物中提取，提取工艺针对其磷脂类成分进行，与蛋白质的提取途径不同。
对人体影响的差异
蛋白质缺乏会导致生长发育迟缓、免疫力下降等问题。大豆卵磷脂缺乏可能影响细胞膜功能及脂肪代谢等，但和蛋白质缺乏引发的症状及影响机制不同。对于特殊人群，比如孕妇，合理摄入蛋白质对胎儿发育至关重要，而大豆卵磷脂也需在适宜情况下补充，不过要依据各自不同的生理需求和健康状况来把握。