正常情况下大豆卵磷脂副作用较少，但部分人群可能出现胃肠道不适、过敏反应等情况。
一、胃肠道不适
部分人服用大豆卵磷脂后可能出现胃肠道反应，如恶心、腹胀等。这是因为大豆卵磷脂进入胃肠道后，可能对胃肠道黏膜产生一定刺激，尤其本身胃肠道较为敏感的人群更易出现此类情况。
二、过敏反应
少数过敏体质者可能对大豆卵磷脂过敏，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏症状。这是由于个体免疫系统对大豆卵磷脂中的某些成分产生异常免疫应答所致。
三、与药物相互作用
若正在服用其他药物，大豆卵磷脂可能与之发生相互作用。例如可能影响某些药物的吸收或代谢，但具体情况因药物而异，所以在同时服用其他药物时需谨慎，最好咨询医生或药师。
四、特殊人群需注意
孕妇、哺乳期女性以及患有某些特定疾病（如严重肝肾功能不全等）的人群，服用大豆卵磷脂需格外谨慎。孕妇和哺乳期女性的身体状况特殊，肝肾功能不全者对物质的代谢能力改变，服用不当可能带来不良影响，应在专业医生指导下决定是否服用。