雌激素六项检查的最佳时间通常为月经周期的第2-4天，具体如下：
1.检查基础性激素六项：最好在月经周期的第2-4天，这一段时间属于卵泡早期，可以反映卵巢的功能状态。但对于月经长期不来潮而且又急于了解检查结果者，则随时可以检查，这个时间就默认为月经前的时间，其结果也就参照黄体期的检查结果。
2.了解黄体功能：在月经周期的第21-25天进行检查，若孕激素水平升高，则提示有排卵。
3.确定闭经原因：可在任何时间检查，但需要先排除怀孕。
需要注意的是，在检查前应避免服用性激素类药物，检查基础性激素前至少一个月不能用性激素类药物，否则结果会受到影响。另外，检查时间最好选择在上午9-11点，因为这段时间是激素分泌的高峰期，检查结果会更准确。