泮托拉唑钠肠溶胶囊和奥美拉唑都是质子泵抑制剂，都可用于治疗消化道疾病，但在药物活性、药效持续时间、适用病症、副作用等方面存在一定区别。
1.药物活性：泮托拉唑钠肠溶胶囊是奥美拉唑的左旋光学活性异构体，其抑酸作用较奥美拉唑更强且更持久。
2.药效持续时间：泮托拉唑钠肠溶胶囊的药效可持续约20小时，奥美拉唑的药效持续约10小时。
3.适用病症：泮托拉唑钠肠溶胶囊适用于活动性消化性溃疡（胃、十二指肠溃疡）、反流性食管炎和卓-艾氏综合征。奥美拉唑除了可用于以上病症外，还适用于十二指肠溃疡、胃溃疡和反流性食管炎等。
4.副作用：两者的副作用相似，常见的有头痛、腹泻、恶心、腹痛、腹胀等。但泮托拉唑钠肠溶胶囊的副作用发生率略低于奥美拉唑。
需要注意的是，具体使用哪种药物应根据患者的具体病情、身体状况等因素来决定。在使用任何药物之前，应遵循医生的建议，并按照医生的指示服用药物。同时，应注意药物的禁忌症和不良反应，如出现不适或过敏反应应及时就医。