阴囊的毛根下有小疙瘩可能是正常的生理现象，也可能是感染、过敏或其他原因引起。如果没有明显不适，可以先观察。如果小疙瘩逐渐增大、增多，或出现疼痛、瘙痒等症状，建议及时就医，明确诊断并进行针对性治疗。
阴囊的毛根下有小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：（1）阴囊部位的毛发比较旺盛，皮脂腺和汗腺比较丰富，可能会出现皮脂腺异位症或粟丘疹。（2）阴囊部位的毛囊比较丰富，可能会出现毛囊角化症。
2.感染：（1）细菌感染，如金黄色葡萄球菌、链球菌等，可以引起毛囊炎，出现红色丘疹、脓疱等。（2）真菌感染，如念珠菌、马拉色菌等，可以引起阴囊癣，出现红斑、鳞屑、瘙痒等。（3）病毒感染，如人乳头瘤病毒，可以引起尖锐湿疣，出现菜花状、乳头状赘生物。
3.过敏：（1）接触性皮炎，如内裤材质过敏、局部摩擦等，可以引起阴囊皮肤过敏，出现红斑、丘疹、水疱等。（2）湿疹，如精神紧张、内分泌失调、代谢障碍等，可以引起阴囊湿疹，出现红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂等。
4.其他：（1）阴囊皮脂腺囊肿，是由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。（2）阴囊表皮样囊肿，是由于外伤、手术等原因，导致表皮细胞植入皮下组织，形成的囊性肿物。（3）阴囊脂肪瘤，是由于成熟的脂肪组织构成的良性肿瘤。（4）阴囊皮肤癌，是一种恶性肿瘤，多发生于老年人，早期表现为阴囊皮肤上的丘疹、结节，逐渐增大，形成菜花状或乳头状肿物，表面溃疡、出血、恶臭等。
总之，阴囊的毛根下有小疙瘩可能是正常的生理现象，也可能是疾病引起的。如果小疙瘩没有明显的不适症状，可以先观察一段时间。如果小疙瘩逐渐增大、增多，或者出现疼痛、瘙痒、红肿等不适症状，建议及时就医，明确诊断，进行针对性治疗。