卵巢囊肿的病因尚不完全清楚，可能与以下因素有关：
1.内分泌因素：卵巢是排卵、分泌性腺激素的重要器官，卵巢囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄。临床上很多卵巢囊肿患者和多囊卵巢综合征、卵巢功能性肿瘤、下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常等内分泌失调有关。
2.生活方式因素：长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大，可以出现生理性卵巢囊肿和卵巢真性肿物。
3.环境因素：食物的污染，如蔬菜等使用的植物生长激素，如家畜家禽等配方饲养中瘦肉精类的激素成分。近年来我国随着生活水平的提高及饮食习惯的西化，及一部分中青年女性滥用诸如丰乳、减肥、减缓衰老等的激素类药物及滋补品，使卵巢肿瘤呈高发性、年轻化发展趋势。
4.遗传因素：据统计，20%～25%的卵巢肿瘤患者有家族史。