精子畸形率99%会在一定程度上影响怀孕，具体影响程度取决于多种因素，下面将为你具体分析。
1.自然受孕的概率较低：精子畸形率高意味着精子的形态异常，可能会影响精子的运动能力和受精能力。正常情况下，受孕需要形态正常的精子与卵子结合。虽然仍有机会怀孕，但怀孕的概率可能会降低。
2.受孕后胎儿健康的风险：即使成功受孕，精子畸形率高也可能增加胎儿发育异常或其他潜在健康问题的风险。畸形的精子可能导致胚胎发育不良，增加流产、早产或出生缺陷的可能性。
3.其他因素的综合影响：怀孕不仅仅取决于精子的畸形率，还受到其他因素的影响，如女方的生育能力、受孕时机和夫妻双方的整体健康状况。如果女方的生育功能正常，且其他因素良好，即使精子存在一定程度的畸形，仍有可能成功怀孕并生育健康的宝宝。
对于精子畸形率高的情况，建议及时就医，进行进一步的检查和评估。医生可能会建议采取以下措施来提高受孕机会或减少潜在风险：
1.精液分析：进一步评估精子的数量、活力、形态等参数，以确定具体的问题和程度。
2.病因治疗：如果存在导致精子畸形的潜在原因，如精索静脉曲张、附睾炎等，可能需要进行相应的治疗来改善精子质量。
3.生活方式调整：保持健康的生活方式对于提高精子质量很重要。建议戒烟限酒、避免过度暴露于有害物质、保持均衡的饮食、适度运动和减少压力。
4.辅助生殖技术：在某些情况下，如精子畸形率极高或其他治疗方法效果不佳，可能需要考虑辅助生殖技术，如体外受精（IVF）或卵胞浆内单精子注射（ICSI）。
需要注意的是，每个个体的情况都是独特的，治疗方案应根据具体情况制定。在面对生育问题时，与专业的生殖医生进行详细的讨论和咨询是非常重要的。他们可以根据个人情况提供个性化的建议和指导，帮助夫妻做出明智的决策。此外，早期的诊断和治疗对于提高受孕机会和减少潜在风险至关重要。