精子畸形率99%会在一定程度上影响正常怀孕。具体来说，可能会出现以下情况：
1.受孕机会降低：正常情况下，精子需要具备正常的形态和功能才能使卵子受精。精子畸形率高意味着受孕的机会可能会降低，因为异常形态的精子可能无法正常游动或与卵子结合。
2.受孕风险增加：即使成功受孕，精子畸形率高也可能增加胎儿发育异常或流产的风险。异常精子可能导致胚胎质量不佳，增加出生缺陷的可能性。
3.其他因素的影响：除了精子畸形率，怀孕还受到其他因素的影响，如女方的生育能力、受孕时机和生活方式等。因此，即使精子畸形率较高，仍有可能自然受孕。
对于精子畸形率高的情况，建议采取以下措施：
1.就医咨询：首先，建议咨询专业的男科医生或生殖专家。他们可以进行详细的评估，包括精子分析、其他相关检查等，以确定具体原因和制定个性化的治疗方案。
2.治疗病因：医生可能会根据具体情况寻找导致精子畸形的原因，并采取相应的治疗措施。这可能包括治疗精索静脉曲张、改善生活习惯（如戒烟、限酒、避免高温环境等）、调整饮食、补充营养素等。
3.辅助生殖技术：在某些情况下，如精子畸形严重或其他治疗方法无效，辅助生殖技术可能是一种选择。这些技术包括体外受精（IVF）和卵胞浆内单精子注射（ICSI）等，可以帮助提高受孕机会。
4.注意事项：在尝试受孕期间，保持健康的生活方式非常重要。这包括均衡饮食、适量运动、减少压力、避免有害物质等。此外，遵循医生的建议进行治疗和监测也是至关重要的。
需要注意的是，每个人的情况都是独特的，治疗效果也会因人而异。与医生进行充分的沟通，并根据个人情况制定合适的治疗计划是非常重要的。此外，情绪和心理因素也可能对受孕产生影响，保持积极的心态对于成功受孕也是有益的。