精子畸形率99%会对自然怀孕产生一定影响，但具体情况需要综合其他因素来判断。以下是关于这个问题的具体分析：
1.精子畸形率高意味着精子的形态异常，可能会影响精子的运动能力和受精能力。正常情况下，精子需要具备正常的形态才能游向卵子并使其受精。
2.然而，即使精子畸形率较高，仍然有可能自然怀孕。怀孕的关键不仅仅取决于精子的形态，还包括精子的数量、活力和受精能力等多个因素。
3.女性的生育能力和受孕机会也会对自然怀孕产生影响。女性的卵子质量、输卵管通畅性以及子宫内膜环境等因素同样重要。
4.在一些情况下，即使精子畸形率较高，也可以通过自然受孕成功怀孕。但在其他情况下，可能需要进一步的评估和治疗来提高受孕机会。
5.一些可能有助于提高受孕机会的方法包括：
健康生活方式：保持均衡的饮食、适量的运动、减少吸烟和饮酒等不良习惯，有助于提高整体生育能力。
避免有害物质：尽量避免接触有害物质，如化学物质、辐射和高温环境等。
治疗潜在疾病：如果存在其他影响生育的疾病，如精索静脉曲张、附睾炎等，应及时进行治疗。
辅助生殖技术：在某些情况下，如精子畸形率极高或其他治疗方法无效时，辅助生殖技术，如体外受精（IVF）或卵胞浆内单精子注射（ICSI），可能是一种选择。
需要注意的是，每个人的情况都是独特的，对于精子畸形率高是否会影响自然怀孕以及最佳的治疗方案，最好咨询专业的生殖医学专家。他们可以根据具体情况进行详细的评估，并提供个性化的建议和治疗方案。此外，如果正在尝试怀孕并对精子质量有疑虑，建议及时就医进行全面的生育检查。