精子畸形率高达99%但活动性正常，可能会影响怀孕，但也不是绝对的，具体需要根据实际情况来判断。以下是一些可能的影响因素：
1.受孕机会：虽然精子的畸形率较高，但只要有足够数量的正常形态精子，仍然有可能使卵子受精。然而，受孕的机会可能会相对较低，因为畸形精子可能在受精过程中遇到困难，或者受精后胚胎的发育可能受到影响。
2.受精能力：精子的畸形可能会影响其受精能力。正常形态的精子通常更容易穿透卵子的外层膜，从而实现受精。如果畸形精子占比较大，可能会降低受精的成功率。
3.胚胎质量：即使受精成功，精子畸形也可能对胚胎的质量产生影响。异常形态的精子可能导致胚胎发育异常，增加流产、早产或出生缺陷的风险。
4.其他因素：怀孕还受到女性生育能力、受孕时机、子宫环境等多种因素的影响。如果女性的生育系统正常，并且其他因素都有利于受孕，那么即使精子存在一定比例的畸形，仍然有可能成功怀孕。
为了提高受孕机会，以下建议可能有帮助：
1.就医咨询：建议及时就诊，进行全面的生育能力评估。医生可以根据具体情况制定个性化的治疗方案或提供进一步的建议。
2.生活方式调整：保持健康的生活方式对生育健康非常重要。这包括均衡饮食、适量运动、减少吸烟和饮酒、避免过度暴露于有害物质等。
3.补充营养素：某些营养素，如叶酸、维生素E等，可能对精子健康有益。医生可能会建议补充适当的营养素。
4.治疗潜在疾病：如果存在其他潜在的健康问题，如精索静脉曲张、附睾炎等，需要及时治疗，以改善精子质量。
5.考虑辅助生殖技术：在某些情况下，如精子畸形严重或其他治疗方法效果不佳，辅助生殖技术，如体外受精（IVF）或卵胞浆内单精子注射（ICSI），可能是一种选择。
需要注意的是，每个人的情况都是独特的，治疗方案应根据个体情况制定。在面对生育问题时，与专业的医生进行详细的讨论和沟通是非常重要的。他们可以根据具体情况提供准确的建议和指导，帮助夫妇做出明智的决策。此外，保持积极的心态和耐心也是重要的，有时候受孕可能需要一些时间和尝试。