牙齿做根管治疗后仍疼痛的主要原因有以下几点：
1.治疗不彻底：根管治疗术是治疗牙髓病及根尖周病的一种方法，通过清除根管内的炎症牙髓和坏死物质，并进行适当的消毒和填充，以防止感染的复发。如果根管治疗不彻底，根管内仍有残留的牙髓组织或细菌感染，可能会导致治疗后疼痛。
2.牙根纵裂：在进行根管治疗时，医生需要在牙齿上制备根管，以便插入根管器械进行清理和消毒。如果根管制备不当，可能会导致牙根纵裂，从而引起疼痛。
3.其他牙齿问题：牙齿疼痛也可能是由于其他牙齿问题引起的，如龋齿、牙髓炎、根尖周炎等。这些问题可能在根管治疗前就存在，但被根管治疗掩盖了症状。在根管治疗后，这些问题可能会再次出现，导致疼痛。
4.咬合问题：根管治疗后的牙齿由于失去了牙髓的营养供应，可能会变得脆弱。如果咬合关系不正常，可能会导致牙齿过度受力，从而引起疼痛。
5.牙周炎：如果患者有牙周炎，根管治疗后可能会加重牙周炎的症状，导致牙齿疼痛。
6.全身性疾病：某些全身性疾病，如糖尿病、白血病等，也可能导致牙齿疼痛。
如果根管治疗后出现疼痛，应及时就医，进行详细的口腔检查和诊断。医生可能会根据具体情况采取相应的治疗措施，如重新进行根管治疗、拔牙等。同时，患者应注意口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物，以减轻疼痛症状。