根据你的描述，可能的原因有：
1.腹部受凉：夜晚睡眠时，若腹部没有盖好被子，或吹了风扇、空调，导致腹部受凉，可能引起肠道痉挛，出现腹痛。
2.饮食因素：晚餐进食过多、过杂，或吃了生冷、油腻、辛辣的食物，也可能导致凌晨腹痛醒来。
3.肠道寄生虫：如果肠道内有寄生虫，如蛔虫，也可能在凌晨时活动，刺激肠道，引起腹痛。
4.其他：胃溃疡、十二指肠溃疡、肠痉挛、肠梗阻等疾病，也可能导致凌晨腹痛。
如果这种情况经常发生，或腹痛较为严重，建议及时就医，进行相关检查，如腹部B超、胃镜等，以明确病因，并进行针对性治疗。