脖子上长小肉疙瘩疼可能由感染性疾病、非感染性疾病或其他因素引起，包括病毒感染、细菌感染、皮肤肿瘤、自身免疫性疾病等，需要就医明确诊断后进行针对性治疗，同时要注意保持局部清洁。
脖子上长小肉疙瘩疼，可能是以下原因引起：（一、感染性疾病）
1.病毒感染：常见的有寻常疣、扁平疣、传染性软疣等。（1）寻常疣和扁平疣：由人乳头瘤病毒感染引起，可通过直接或间接接触传播。（2）传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起，可通过直接接触传播。
2.细菌感染：常见的有疖、痈等。（1）疖和痈：由金黄色葡萄球菌感染引起，可发生在任何有毛囊的部位。（2）皮脂腺囊肿感染：由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。继发感染时可表现为局部红肿、疼痛。
3.其他感染：如皮肤结核、梅毒等。（二、非感染性疾病）
1.皮肤肿瘤：如皮肤癌、恶性黑色素瘤等。（1）皮肤癌：可发生在身体任何部位，常见于头、面、颈、手背等暴露部位。（2）恶性黑色素瘤：多发生于皮肤或接近皮肤的黏膜，也可发生在眼脉络膜或脑膜等处。
2.自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮、皮肌炎等。（1）系统性红斑狼疮：可侵犯全身多个系统和脏器，皮肤和黏膜是最常受累的部位之一。（2）皮肌炎：主要表现为对称性四肢近端肌肉无力、疼痛和压痛，可累及吞咽肌和呼吸肌。
3.其他：如结节病、Sweet综合征等。（三、治疗方法）
1.针对感染性疾病：（1）病毒感染：可使用抗病毒药物，如利巴韦林、阿昔洛韦等。（2）细菌感染：可使用抗生素，如青霉素、头孢菌素等。（3）其他感染：根据具体情况选择合适的治疗方法。
2.针对非感染性疾病：（1）皮肤肿瘤：根据肿瘤的类型、大小、位置等因素选择合适的治疗方法，如手术切除、放疗、化疗等。（2）自身免疫性疾病：使用免疫抑制剂、糖皮质激素等药物治疗。（3）其他：根据具体情况选择合适的治疗方法。
3.对症治疗：（1）疼痛明显者，可使用非甾体抗炎药，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。（2）局部红肿明显者，可使用硫酸镁湿敷。
总之，脖子上长小肉疙瘩疼的原因较多，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，要注意保持局部清洁，避免搔抓、挤压等刺激。