肛门瘙痒且有小肉疙瘩，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔通常无炎症时不会有疼痛，仅有肛门瘙痒、坠胀或异物感，发展至脱垂，内痔或混合痔合并感染、血栓形成、嵌顿时则会出现肛门疼痛。此外，外痔平时无特殊症状，发生血栓及炎症时可有肿胀、疼痛。
2.肛门湿疹：是一种皮肤病，局限于肛门周围皮肤，少数可累及会阴部。奇痒难忍，常潮湿，皮肤浸润肥厚，可发生皲裂。任何年龄均可发病，任何部位均可发生，常见于女性。
3.尖锐湿疣：肛门周围湿润，有瘙痒感，搔抓后可继发感染，出现疼痛，可有脓性分泌物。生长在肛门缘的赘生物，逐渐增大，形如菜花，表面湿润或有出血，并在颗粒间积存有脓液，散发恶臭气味，搔抓后可继发感染。
4.肛管直肠肿瘤：肛管直肠癌破溃感染，继发肛瘘时会伴有肛门部疼痛、肿块和脓性分泌物。
出现肛门瘙痒且有小肉疙瘩的症状，需要及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，应注意保持肛门清洁，避免搔抓和摩擦，避免食用辛辣刺激性食物。