三个月婴儿睡觉尿尿时哭闹，可能是以下原因导致的：
1.生理原因：
尿不湿问题：尿不湿过紧、过湿或有异味等，会让婴儿感到不适，从而哭闹。
尿急：婴儿的膀胱容量较小，当尿液积聚到一定程度时，会刺激膀胱，引起婴儿想要排尿的感觉。如果此时婴儿正在睡觉，被尿意憋醒，可能会哭闹。
2.病理原因：
尿路感染：婴儿的尿路较短，容易发生感染。尿路感染可能导致尿频、尿急、尿痛等症状，从而使婴儿在尿尿时哭闹。
其他疾病：一些其他疾病，如腹泻、肠痉挛等，也可能导致婴儿在尿尿时哭闹。
如果婴儿经常在睡觉尿尿时哭闹，或者哭闹持续时间较长、哭闹程度较严重，建议及时带婴儿就医，进行相关检查，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。
此外，在日常生活中，家长可以注意以下几点，帮助缓解婴儿睡觉尿尿时哭闹的情况：
1.及时更换尿不湿，保持婴儿的干爽。
2.给婴儿提供适当的安抚，如轻轻抚摸、抱抱等。
3.培养婴儿良好的排尿习惯，如定时排尿等。
4.注意婴儿的饮食，避免食用过多刺激性食物。