牙龈根部长肉疙瘩可能由以下原因引起：
1.牙根尖周炎：多由龋齿发展而来，炎症从龋洞发展到牙根尖周围组织，导致牙龈瘘管，出现脓包，需要进行根管治疗。
2.牙周炎：由于局部刺激因素长期存在，如牙菌斑、牙结石等，刺激牙龈导致炎症，出现牙周袋、牙槽骨吸收，需要进行牙周治疗。
3.牙龈瘤：是牙龈上特别是龈乳头处局限生长的炎性反应性瘤样增生物，与内分泌有关，也与机械刺激或慢性炎症刺激有关，需要手术切除。
4.其他：如恶性肿瘤、囊肿等也可导致牙龈长疙瘩，需要进一步检查和治疗。
如果发现牙龈根部长了肉疙瘩，建议及时就医，进行详细的口腔检查和诊断，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持口腔卫生，定期洗牙，避免食用辛辣刺激性食物。