卵巢囊肿的原因主要包括以下几个方面：
1.内分泌因素：
长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大等因素，可能会造成体质过度酸化，人体整体的机能下降，引起肾虚，肝肾同源，肾卵巢囊肿病理虚肝亦虚，进而引起下焦代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿。
卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，卵巢囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄。所以认为与内分泌失调有关，即体内激素分泌不平衡，有多种内分泌素可以影响卵巢功能，如：卵泡刺激素、黄体生成素、雌激素、孕激素等，如果这些激素分泌出现异常，可能会导致卵巢功能障碍，引起卵巢囊肿。
2.遗传因素：
据资料显示，约20%至25%的卵巢囊肿患者有家族史。
3.生活方式因素：
长期的饮食结构，生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降，引起肾虚，肝肾同源，肾虚肝亦虚，进而引起下焦代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿，甚至癌变。
4.环境因素：
食物的污染，如蔬菜等使用的植物生长激素，如家畜家禽等配方饲养中瘦肉精类的激素成分。近年来我国随着生活水平的提高及饮食习惯的变化，及一部分中青年女性滥用诸如丰乳、减肥、及减缓衰老等的激素类药物及滋补品，使卵巢肿瘤呈高发性、年轻化发展趋势。
5.炎症因素：
女性如果患有输卵管炎症、子宫内膜炎，长期刺激可能会引起卵巢囊肿。
6.医源性因素：
目前认为，卵巢囊肿的发生与剖宫产及人工流产有一定关系。
7.心理因素：
如果女性长期的精神压力过大、焦虑等，可能会引起植物神经功能紊乱，影响人体内分泌调节，进而可能导致卵巢囊肿。