百令胶囊所应用的是冬虫夏草，金水宝胶囊的成分是发酵虫草菌粉Cs - 4，两者都可辅助治疗肾脏相关疾病，如肾小球肾炎等，患者使用这两种药物时需通过相关检查明确病情、病因以制定个体化治疗方案，且治疗期间要注意定期随诊复查。
百令胶囊与金水宝胶囊的区别主要体现在以下几个方面：
1.原料来源：百令胶囊所应用的是冬虫夏草，在虫草中属于相对较好的一种；而金水宝胶囊的成分是发酵虫草菌粉Cs4。
2.治疗疾病：两者都可用于治疗肾脏相关疾病，如肾小球肾炎、肾功能不全、肾衰竭等。
3.药物作用：这两种药物均作为辅助用药，而非主要用药。当患者出现肾脏相关疾病时，需要通过检查肾功能、尿常规、尿蛋白定量，甚至肾穿刺活检来明确具体的病情、病因，从而针对性地制定个体化的治疗方案。
4.注意事项：患者在使用这两种药物治疗期间，还需要注意定期随诊复查，监测病情变化。