巧克力囊肿的最佳治疗时间需要根据患者的年龄、症状、生育需求等因素来决定，一般有以下几种情况：
1.青春期前：如果巧克力囊肿在青春期前被发现，通常不需要立即治疗，因为此时囊肿可能会自行消退。定期复查超声，监测囊肿的大小和变化情况即可。
2.生育期：如果巧克力囊肿导致患者出现痛经、性交痛、月经失调等症状，或影响怀孕，应及时治疗。治疗方法包括药物治疗和手术治疗。药物治疗主要是使用孕激素、避孕药等，抑制卵巢功能，减少囊肿的生长。手术治疗一般是腹腔镜手术，将囊肿切除。手术后还需要使用药物预防复发。
3.绝经期后：如果巧克力囊肿在绝经后仍然存在，且没有明显的症状，通常不需要治疗，因为囊肿恶变的风险较小。定期复查超声，观察囊肿的变化情况即可。
需要注意的是，巧克力囊肿的治疗方法和时机需要根据个体情况制定，患者应在医生的指导下进行治疗。此外，巧克力囊肿可能会复发，患者在治疗后还需要注意定期复查，以及预防复发的措施，如保持良好的生活习惯、避免经期性生活等。