三个月宝宝发出倒吸气呃呃的叫声，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：三个月的宝宝喉部还没有发育完善，唾液也比较多，这个时候宝宝吞咽功能还不协调，可能会出现呛咳、倒吸气呃呃的叫声，这是一种正常的生理现象。
2.胃食管反流：如果宝宝吃奶过多、过急，或者是在吃奶后立即平卧，胃内容物可能会反流，刺激喉部，引起倒吸气呃呃的叫声。此外，宝宝的食管下端括约肌发育不成熟，也容易导致胃食管反流。
3.呼吸道感染：如果宝宝患有感冒、肺炎等呼吸道感染性疾病，可能会导致喉部炎症，刺激喉部，引起倒吸气呃呃的叫声。
4.其他：百日咳、气管异物等也可能导致三个月宝宝发出倒吸气呃呃的叫声。
如果宝宝除了倒吸气呃呃的叫声外，还伴有咳嗽、呕吐、呼吸急促等症状，或者叫声持续时间较长，建议及时就医，以便明确原因，并采取相应的治疗措施。