生理期刚过去两天过性生活后出血、小腹疼痛可能是正常的，也可能是某些疾病的表现，以下是一些可能的原因：
1.生理期刚结束，子宫内膜尚未完全修复：生理期结束后，子宫内膜可能还没有完全修复，性生活可能导致少量出血和小腹疼痛。这种情况通常会在几天后自行消失。
2.感染：性生活可能导致细菌感染，引起宫颈炎、子宫内膜炎等炎症，从而出现出血和腹痛。此外，男性如果有包皮过长或包茎，也可能将细菌带入女性体内，导致感染。
3.子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位，这种情况可能导致痛经、性交痛、月经失调等症状。
4.子宫肌瘤：子宫肌瘤是子宫平滑肌组织增生形成的良性肿瘤，可能导致月经异常、腹痛、性交痛等症状。
5.其他：宫颈癌、子宫内膜息肉等疾病也可能导致性生活后出血和腹痛。
如果出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，如妇科检查、B超等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。此外，在生理期结束后的几天内，应避免性生活，以免引起感染或其他并发症。同时，注意个人卫生，保持外阴清洁。如果有其他不适症状，如发热、白带异常等，应及时就医。