12岁女孩内裤上有褐色分泌物并伴有肚子疼，可能是以下原因引起：
1.快来月经了：12岁女孩正处于青春发育期，下丘脑-垂体-卵巢轴激素间的反馈调节尚未成熟，容易导致月经不规律。如果近期有褐色分泌物，同时伴有肚子疼，可能是快来月经了。
2.排卵期出血：如果褐色分泌物出现在两次月经中间，可能是排卵期出血。这是由于排卵期雌激素水平短暂下降，子宫内膜失去雌激素支持，部分脱落引起的阴道少量出血，一般持续2-3天，可伴有轻微腹痛或腰部酸痛。
3.其他：如果孩子吃了过多的生冷食物，或者腹部受凉，也可能会导致肚子疼和褐色分泌物。此外，一些妇科疾病，如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎等，也可能会引起这种症状。
如果孩子出现这种情况，家长可以先观察孩子的症状是否持续加重，如果持续加重或伴有其他不适，如发热、呕吐等，应及时带孩子去医院就诊，明确原因后进行针对性治疗。同时，家长要注意孩子的饮食和保暖，让孩子保持良好的生活习惯。