尿路感染的病原菌80%～90%由肠道革兰阴性杆菌引起，最常见的是大肠杆菌，其次为变形杆菌、副大肠杆菌、克雷伯杆菌等，少数为粪链球菌、葡萄球菌等，少数患儿免疫力低下时也可由病毒、支原体或真菌引起。感染途径分为：

1.上行感染

婴幼儿经常使用尿布或穿开裆裤，尿道口常受粪便和其他不洁物的污染，加上局部防御能力差，易引起上行感染，女孩尿道短，更易感染。另外，在婴儿时期由于膀胱壁内走行的输尿管尚未发育完全，输尿管短或异常，在排尿时输尿管关闭不全而致逆流，细菌随逆流的尿液上行引起感染。

2.下行感染

先天畸形及尿路梗阻，如肾盂积水、输尿管狭窄、多囊肾均可因引流不畅而继发感染，也可由于结石、肿瘤等原因引起的梗阻使细菌逆流导致尿路感染。

3.血性感染

泌尿系感染可以是婴幼儿全身败血症的一部分及慢性菌血症患儿伴发症状。