复发性多发性软骨炎应与感染性软骨炎、前庭或耳蜗血管炎、喉和气管的炎症性疾病等相鉴别。出现反复发作的巩膜炎或巩膜外层炎葡萄膜炎时应与椎关节炎（病变）、类风湿关节炎、SjÖgren综合征、Reiter综合征类肉瘤病、结节性动脉炎Behcet病、幼年型慢性关节炎、Cogan综合征、Wegner肉芽肿等所伴发的巩膜炎、巩膜外层炎或葡萄膜炎相鉴别。

复发性多发性软骨炎应与系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、Behcet病、SjÖgren综合征、混合结缔组织病等鉴别。