多数患者愈后好。口腔疣状癌局部复发率6%～40%，极少有转移，但具有患第二个口腔原发鳞状细胞癌的风险。
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本病的诊断，重要的在于活检取材要大而深，才能观察全貌而确定。临床上本病与经典鳞癌及尖锐湿疣不易区别，也应注意鉴别假性上皮瘤样增生，因此需要作仔细的病理检查。
