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多采用抗菌药物治疗。
发病时用抗生素治疗，宜选用第三代喹诺酮类药物，如氧氟沙星口服或静脉滴注。小肠结肠炎耶尔森菌能产生β-内酰胺酶。对于败血症病例，宜选用呋布西林、美洛西林、头孢噻肟和拉氧头孢等耐β-内酰胺酶的抗生素。
肝硬化患者出现肝衰竭加重，预后不良。
